常用的消毒劑以成分分類主要有9種：含氯消毒劑、過氧化物類消毒劑、季銨鹽類消毒劑、含碘消毒劑、醛類消毒劑、醇類消毒劑、酚類消毒劑、雜環類消毒劑、胍類消毒劑，另外還有生物類消毒劑。

1、含氯消毒劑

運用領域：水消毒、環境消毒、器具消毒等方麵。

溶於水發生具有殺微生物活性的次氯酸的消毒劑，其殺微生物有效成分常以有效氯表示。次氯酸分子量小，易擴散到細菌外表並穿透細胞膜進入菌體內，使菌體蛋白氧化導致細菌死亡。含氯消毒劑可殺滅各種微生物，包含細菌繁殖體、病毒、真菌、結核杆菌和抗力很強的細菌芽胞。這類消毒劑包含無機氯化合物(如次氯酸鈉、次氯酸鈣、氯化磷酸三鈉)、有機氯化合物(如二氯異氰尿酸鈉、三氯異氰尿酸、氯銨T等)。無機氯性質不穩定，易受光、熱和潮濕的影響，損失其有效成分，有機氯則相對穩定，但是溶於水之後均不穩定。

2、過氧化物類消毒劑

常見的有過氧乙酸、過氧化氫、過氧戊二酸。 過氧乙酸用途普遍，缺點是不穩定，對金屬的腐蝕性較大。過氧化氫主要用於空氣消毒、皮膚消毒、粘膜消毒。過氧戊二酸穩定性好於過氧乙酸和過氧化氫，但成本高，市場上基本見不到。臭氧消毒在純淨水廠運用普遍，主要是消毒之後無殘留。

二氧化氯

運用領域：水消毒、器具消毒、環境消毒、食品消毒等方麵。

二氧化氯對細胞壁有較強的吸附和穿透才能，放出原子氧將細胞內的含巰基的酶氧化起到殺菌效果。國外很多的實驗研究顯現,二氧化氯是安全、無毒的消毒劑,無“三致”效應(致癌、致畸、致驟變),同時在消毒過程中也不與有機物發生氯代反響生成可發生“三致效果”的有機氯化物或其它有毒類物質。但由於二氧化氯具有極強的氧化才能，應避免在高濃度時(>500ppm)運用。二氧化氯消毒劑被公認是很高效、安全環保的消毒劑。

3、醛類消毒劑：福爾馬林溶液與高錳酸鉀合作運用

包含甲醛和戊二醛等。此類消毒原理為一種生動的烷化劑效果於微生物蛋白質中的氨基、羧基、羥基和巰基，從而損壞蛋白質分子，使微生物死亡。甲醛和戊二醛均可殺滅各種微生物，由於它們對人體皮膚、黏膜有影響和固化效果，並可使人致敏，因而不行用於空氣、食具等消毒，一般僅用於醫院中醫療器械的消毒或滅菌，且經消毒或滅菌的物品必須用滅菌水將殘留的消毒液衝洗幹淨後才可運用。

運用領域：熏蒸消毒，戊二醛首要用於醫療器械的消毒。