滅菌是指用物理或化學的方法，殺死物體表麵和孔隙內的全部微生物或生物體，即把一切生命的物質全部殺死。
常用的滅菌方法可分為物理的和化學的兩類：物理方法如幹熱（烘燒和灼燒）、濕熱（常壓或高壓蒸煮）、射線處理（超聲波、微波）、過濾、清洗和許多無菌水衝洗等辦法。化學方法是運用升汞、甲醛、過氧化氫、高錳酸鉀、漂白粉、次氯酸鈉、抗菌素、酒精化學藥品處理等。
微生物檢查培養基常用的滅菌方法主要是濕熱滅菌和過濾除菌。
1、濕熱滅菌：
蒸汽在冷凝時釋放出許多潛能，而且蒸汽具有強壯穿透力，蒸汽的濕熱損壞菌體蛋白質和核酸的化學鍵，使酶失活，微生物因代謝妨礙而逝世。濕熱滅菌的作用，取決於致死溫度和致死時間。致死溫度是殺滅微生物的極限溫度。致死時間是在致死溫度下殺滅全部微生物所需時間。
高壓蒸汽滅菌適合於耐高溫培養基、接種器械和蒸餾水的滅菌。培養基分裝後應當即滅菌，應在當天內完結滅菌工作，不行過夜。消毒時間不宜過長，也不能超過規定的壓力規劃，否則有機物質就會在高溫下分化，失掉營養作用，也會使培養基蛻變、變色，甚至難以凝聚。
2、過濾除菌：
一些抗生素及有機物等，遇熱容易分化，不能與培養基一同進行高溫滅菌，而要運用細菌過濾器濾去其間的雜菌，例如含抗生素的沙氏葡萄糖瓊脂培養基。過濾後的溶液要當即參與培養基中，若為液體培養基，可在培養基冷卻至30℃時參與；若為固體培養基，得在培養基凝聚之前（50-60℃）參與，振蕩使溶液與其他成分混合均勻。
