有各種各樣的樣品可用於測定3m微生物測試片。體液(如血清)、分泌物(唾液)和排泄物(如尿液和糞便)都可以作為標本來測定某些抗體或抗原成分。有些標本可以直接測定(如血清和尿液)，有些則需要預處理(如糞便和一些分泌物)。3m的微生物試片大多以血清為樣本。血漿中除纖維蛋白原和抗凝劑外，其他成分與血清相等。製備血漿樣本需要抗凝劑，而血清樣本隻有在血清自然凝固、血凝塊收縮後才能獲得。除特殊情況外，在醫學檢查中使用血清作為測試樣本。在ELISA中，血漿和血清可以同等使用。血清標本可用常規方法采集，注意避免溶血。紅細胞溶解時，會釋放出具有過氧化物酶活性的物質。在以HRP為標記的ELISA中，溶血性樣品可能會增加非特異性顯色。
血清樣本應在新鮮時進行檢測。如果有細菌汙染，細菌中可能含有內源性HRP，也會產生假陽性反應。如果放在冰箱裏太久，可以聚合，間接ELISA可以加深背景。一般來說，5天以內測定的血清標本可以放在4下，超過一周測定的需要低溫保存。冷凍血清融化後，蛋白質局部濃縮，分布不均。應充分混合，輕輕攪拌，以免產生氣泡。可以倒著混，在混音器上應該不會強烈震蕩。混濁或沉澱的血清樣本應先離心或過濾，澄清後再檢測。反複凍融會導致抗體效價下降，所以如果抗體檢測的血清樣本需要保存多次檢測，宜少量包裝，冰藏。保存和采集血清時，應注意無菌操作，也可加入適當的防腐劑。
